Trong khi hầu hết các chùa, đền, miếu, hội quán của người Hoa ở Chợ Lớn đều thờ chính là Thiên Hậu Thánh mẫu hay Quan Đế, thì miếu Nhị Phủ là nơi duy nhất thờ Bổn Đầu Công, vị thần bảo vệ đất đai và con người.

“Phúc đức chính thần” tức ông Bổn, chiếm vị trí trung tâm của gian chính điện. Tượng ông Bổn bằng gỗ cao khoảng 1,5m, thể hiện một ông già quắc thước, khoan hòa với chòm râu bạc trắng buông dài, dáng ngồi thoải mái, một tay gác lên tay ngai, một tay vuốt chòm râu...

Ngoài Ông Bổn được thờ chính (ngày lễ tế: 15 tháng 8 âm lịch), Nhị Phủ còn thờ Ngọc Hoàng Thượng đế, Quảng Trạch Tôn Vương, Quảng Đại Tôn Vương, Thái Tuế, Quan Công, Bồ-tát Quan Thế Âm, Chúa Sanh nương nương, Hoa Phấn phu nhân, cùng rất nhiều vị thần khác.